Flapjack es un niño criado por una ballena parlante llamada Bubbie, ambos llevan una vida tranquila hasta que deben rescatar a un pirata llamado Capitán Nudillos, y este le cuenta a Flapjack sobre la Isla Acaramelada. Inspirados por el pirata, Flapjack y Bubbie se meten en extraños problemas y desventuras en busca de la Isla Acaramelada. Estos tres personajes pasan la mayoría de su tiempo en el Puerto Stormalong (Bahía Tormentosa según el doblaje latinoamericano), donde consumen golosinas, buscan aventuras y se meten en lios.
